温州医科大学工会全称为中国教育工会温州医科大学委员会，建于1959年。温州医科大学工会在学校党委和上级工会的正确领导下，在学校行政和广大教职工的支持下，全心全意依靠教职工办学的方针，紧密围绕学校的中心任务，认真履行工会维护、参与、建设、教育四项社会职能，积极开展工会各项活动，努力为教职工办实事，在维护教职工合法权益和学校整体利益、促进学校民主管理、加强教职工队伍建设、推进教职工之家建设和“三育人”工作等方面做了大量工作，充分发挥工会组织的桥梁和纽带作用，在学校的改革发展稳定中发挥了积极的作用。

2020年5月30日，温州医科大学第九届教职工代表大会暨第十六届工会会员代表大会一次会议召开，会议选举产生了温州医科大学第九届教职工代表大会执行委员会、温州医科大学工会第十六届委员会及工会经费审查委员会。陈培根任教代会执行委员会主任，金理奏、林 丽、楼永良任教代会执行委员会副主任；陈培根任工会主席，金理奏任工会常务副主席，刘瑜任副主席，周恩红、洪晓畅任兼职副主席；胡军勇任经费审查委员会主任。

教代会下设“三育人”工作委员会、提案工作委员会、福利工作委员会等工作机构。校工会设有办公室、女教职工工作委员会、青年教职工工作委员会等，下设14个二级工会，现拥有会员约1760人。